Giai đoạn 1991-1993:
1. GS-TSKH Trần Hữu Phát Viện trưởng
2. PGS-TS Trần Thanh Minh Phó Viện trưởng
3 TS Huỳnh Thượng Hiệp Phó Viện trưởng
Giai đoạn 1994-1997:
1. PGS-TS Trần Thanh Minh Viện trưởng
2. PGS-TS Hoàng Đắc Lực Phó Viện trưởng
3. TS Huỳnh Thượng Hiệp Phó Viện trưởng
Giai đoạn 1998- 2001:
1. TS Võ Văn Thuận Viện trưởng
2. TS Hà Văn Thông Phó Viện trưởng
3. KS Phạm Quang Điện Phó Viện trưởng (Mất năm 1999)
4. PGS-TS Trần Đại Nghiệp Phó Viện trưởng
Giai đoạn 2001- 2005:
1. TS Võ Văn Thuận Viện trưởng
2. TS Hà Văn Thông Phó Viện trưởng
3. TS Đặng Đức Nhận Phó Viện trưởng
Giai đoạn 2006- 2008:
1. TS Lê Văn Hồng Viện trưởng
2. TS Hoàng Hoa Mai Phó Viện trưởng
3. TS Trịnh Văn Giáp Phó Viện trưởng
Giai đoạn từ 2008 đến 2010:
1. TS Trịnh Văn Giáp Viện trưởng
2. TS Hoàng Hoa Mai Phó Viện trưởng
3. KS Đặng Hoàn Thành Phó Viện trưởng
Giai đoạn từ 2010 đến 5/2013:
1. TS Trịnh Văn Giáp Viện trưởng
2. KS Đặng Hoàn Thành Phó Viện trưởng
3. TS. Đặng Quang Thiệu Phó Viện trưởng
Giai đoạn từ 8/2013 đến nay:
1. TS Trịnh Văn Giáp Viện trưởng
2. KS Đặng Hoàn Thành Phó Viện trưởng
3. TS Nguyễn Tuấn Khải Phó Viện trưởng
4. ThS Nguyễn Hữu Quyết Phó Viện trưởng