Chỉ đạo điều hành và quản lý chung mọi mặt hoạt động của Viện Khoa học và Kỹ thuật hạt nhân, trực tiếp chỉ đạo các công việc sau đây:
1. Lĩnh vực phụ trách:
- Công tác tổ chức cán bộ và phát triển nguồn nhân lực;
- Công tác kế hoạch tài chính, tăng cường tiềm lực;
- Công tác văn phòng, hành chính, an toàn lao động, an ninh, cháy nổ, bảo vệ nội bộ cơ quan;
- Công tác nghiên cứu triển khai;
- Công tác hợp tác quốc tế, hợp tác trong nước;
- Công tác an toàn bức xạ với tư cách là chủ cơ sở bức xạ;
- Đề tài, nhiệm vụ KHCN cấp Nhà nước, cấp Bộ;
- Công tác triển khai dịch vụ KHCN;
- Nhiệm vụ sự nghiệp môi trường;
- Công tác xây dựng cơ sở vật chất, tăng cường tiềm lực;
- Công tác quản lý và khai thác sử dụng cơ sở hạ tầng, trang thiết bị phòng thí nghiệm của Viện;
- Đảm bảo mối liên hệ giữa Ban Lãnh đạo Viện với Đảng ủy và các tổ chức đoàn thể;
- Công tác thi đua khen thưởng;
- Công tác thông tin tư liệu và quảng bá tiềm năng của Viện.
2. Các đơn vị phụ trách:
- Phòng Kế hoạch Hợp tác quốc tế;
- Phòng Hành chính - Tổ chức;
- Trung tâm An toàn bức xạ;
- Trung tâm Quan trắc và Đánh giá tác động môi trường;
- Các tổ chức đoàn thể.